Проблемы при установки windows 7 с помощью флешки

А причём здесь эмуляция HDD которую вы выставили и загрузка с USB?
IDE это эмуляция старого протокола, которая не требует спец дров и есть стандартно в установщике винды
AHCI более оптимизированное решение, которое работает быстрее, и для установки нужно в инсталляторе просто подсунуть дрова от своей модели.

Вы указали решение проблемы, которое никакого отношения к загрузке с USB не имеет.
Реально мешать может режим UEFI, который не будет видеть флешки без правильного загрузчика.
FAT\NTFS роли не играет.

Так может просто инсталятор не видел никаких жёстких дисков?